Anche se sia la Valeriana che le benzodiazepine concorrono, a livelli diversi, ad ottenere un risultato simile sull'organismo, è sempre corretto domandarsi se ci possano essere delle controindicazioni nell'assunzione contemporanea di due principi attivi differenti.

In questo caso l'assunzione di entrambe è sconsigliata se non sotto stretto controllo medico. La somministrazione di valeriana e di benzodiazepine o barbiturici può determinare un incremento della depressione del sistema Nervoso Centrale, aumentando considerevolmente e imprevedibilmente l'effetto sedante di entrambe i principi attivi.

Per effetto paradosso (Con effetto paradosso si intende la produzione, da parte di un principio attivo, effetti indesiderati e opposti rispetto a quelli previsti, o anche diversi rispetto a quelli ottenuti alla prima assunzione del principio), la valeriana ha dimostrato di potersi sostituire alle benzodiazepine spiazzandole dal loro legame recettoriale, riducendo in modo drastico gli effetti di tali farmaci.

Gli estratti di valeriana, infatti, per i ricettori centrali e periferici, si comportano come le benzodiazepine e i barbiturici.
L’assunzione contemporanea di valeriana e analgesici oppioidi può aumentare il loro effetto sedativo.

Tale effetto, osservato finora  a livello sperimentale su cavie o in vitro, potrebbe causare anche depressione respiratoria.